1956-ban a forradalom – és szabadságharc vidékre is elért, ez hozzájárult az igazgató, Kiss János „távozásához”, aki évekig a rendszer ideológiájának megfelelően sok diák életét megkeserítette, elvágta útjukat a továbbtanulástól, mivel a népi demokrácia alapszellemiségének nem feleltek meg. A városban történt eseményekben lényeges szerepet játszottak a gimnázium tanulói. Molnár József (a város későbbi polgármestere) diákként élte át az eseményeket.
Botos József a csongrádi Batsányi János Gimnáziumban tanult a forradalom idején, és őt választották meg a helyi diákbizottság elnökévé. Az orosz csapatok bevonulásakor nemmel szavazott a fegyveres ellenállásra. 1957 januárjában mégis bevitték a Justh Gyula utcai rendőrkapitányságra, ahol arra akarták rávenni, valljon egyik tanára ellen. Kihallgatás közben olyan súlyosan megverték, hogy fogai, bordái eltörtek, dobhártyája beszakadt. Azzal fenyegették, hogy leviszik az alagsorba, és kivégzik. Végül aláírattak vele egy iratot, miszerint sérüléseit utcai verekedés közben szerezte, és kiengedték. Az orvos háza mellett 150-200 méterre ácsorgó édesanyámék nem ismertek meg. Látták, hogy van ott egy pasas, aki állandóan felbukik, körbejár. Nem hagyhatták ott, akármilyen részeg, mínusz 20 fok lehetett. Odajöttek hozzám, akkor ismertek fel – vallja erről.
Egy barátja révén Derekegyházra került, majd a szentesi kórházba, ahol dr. Bugyi István főorvos gondoskodott róla. Érettségi vizsgát úgy tehetett, hogy tanárai kijátszották a rá vonatkozó rendelkezést. Továbbtanulása érdekében édesanyja még Kádár Jánostól is kihallgatást kért. A budapesti Marx Károly Közgazdaság-tudományi Egyetem külkereskedelmi szakára vették föl.